市政管网工程作为房地产开发的基础配套设施，其成本列支的准确性及凭证完整性是土地增值税清算的重要审核内容。实务中，因其边界界定、交易定价及凭证链条的复杂性，常常成为税企争议的高发区。本案例剖析了一个真实项目因市政管网成本处理不当，导致在清算中被税务机关大幅调减成本的具体情形，为房企提供风险防范与合规操作指引。
甲房地产集团在A市开发某住宅项目，2015年3月开工，2020年6月竣工验收。截至2023年7月，项目销售率已达85.2%。2024年3月，主管税务机关正式下发土地增值税清算通知书。
税务机关在审核甲公司提交的清算资料时，对市政管网相关的三项成本提出重大质疑：
关键证据：市政部门出具的《配套设施接收确认函》清晰记录，该雨水管网工程在2018年已由政府专项资金完成改造，并正式移交给市政部门管理维护。
争议核心：政府已出资建设并接收的设施，开发商能否再将其成本计入项目开发成本扣除？
市场比对：税务机关调查发现，同期（相近时段、同类区域、相同标准）由非关联第三方施工单位承建的污水管网工程，其报价区间仅为580元/米至650元/米。
缺失材料：甲公司未能提供支持其980元/米单价的独立第三方造价审核报告。
争议核心：关联方交易价格（980元/米）显著高于独立第三方市场价（最高650元/米），是否构成定价不公允？
凭证情况：仅提供了一张由丙公司开具的发票，缺少支撑该笔费用的关键原始凭证——施工合同、工程结算书、银行付款流水记录。
争议核心：仅凭一张发票，能否证明该成本的真实发生以及与项目的直接相关性？
基于上述疑点及核查结果，税务机关依据《土地增值税清算管理规程》（国税发〔2009〕91号）相关规定，对成本进行了如下调整：
理由：国税发〔2009〕91号文第二十一条明确规定，扣除项目金额必须是实际发生且取得合法有效凭证的成本。政府财政已承担并完成移交的工程，其成本不应再由开发商计入项目成本重复扣除。市政部门出具的《市政设施移交记录》及财政拨款凭证是证明政府承担该成本的关键证据。
理由：国税发〔2009〕91号文第二十五条指出，对于关联企业交易，税务机关有权按照独立交易原则进行审核调整。
核定方法：鉴于关联交易价格（980元/米）明显高于独立第三方市场最高价（650元/米），且无合理依据支持溢价，税务机关按市场公允价上限650元/米核定成本。
理由：国税发〔2009〕91号文第二十一条同时强调，合法有效凭证是成本扣除的基础。仅凭发票，无法形成完整的证据链（合同流、业务流、资金流、发票流）以证明交易的真实性、合理性及与项目的直接关联性。缺少合同、结算书、付款记录等关键凭证，税务机关无法认可该成本的有效性。
红线外政府出资并接收的市政工程（如案例中的雨水管网），其成本由财政承担，开发商申报扣除属于“张冠李戴”，必被剔除。
向关联方采购工程或服务时，价格显著偏离独立第三方市场价且无合理解释（如案例中污水管网溢价超50%），税务机关依据独立交易原则进行纳税调整是常规操作。
对于临时、零星工程成本（如案例中的临时水电费），仅凭发票入账是远远不够的。合同、结算单、付款记录等凭证链断裂，成本真实性无法自证，难以获得税务机关认可。
第二十一条：“扣除项目金额应当凭合法有效凭证扣除；纳税人应当提供合法有效凭证来证明扣除项目金额的真实发生。… 扣除项目金额归集分摊应当清晰、准确，不得混淆。”
第二十五条：“审核关联方交易是否按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用；对不符合独立交易原则的，主管税务机关有权按照合理方法进行调整。”
对红线外的市政工程，务必取得政府相关文件（如接收函、财政拨款证明），明确成本承担主体。
使用数字化工具（如《土地增值税清算辅助系统》）将项目清算资料进行统一归集、数据化存储与实时更新，通过自动化校验规则，当录入“红线外市政工程”成本时，触发与政府数据的比对，若发现该工程已被政府接收或存在财政拨款记录，则发出高风险预警并阻断计入开发成本。
与关联方的工程交易，必须提前聘请独立第三方造价机构进行审核并出具报告。同时，留存至少三家以上非关联第三方同期、同类工程的真实报价单作为定价依据，确保价格在合理区间内。价格可以略高，但必须有站得住脚的理由和证据！
接入或直接应用第三方工程造价信息数据库，获取同类区域、同类型管网工程的市场公允价区间，与关联方报价进行智能比价并展示偏离度（如溢价比例）；强制要求上传附有数字化第三方造价审核报告，通过OCR技术自动抓取报告中的关键参数（如单价、工程量、总价）与市场数据进行交叉验证；同时自动记录比价过程、数据来源、审核报告电子档案，形成证据链。
从合同签订、工程实施、进度确认、最终结算、款项支付到发票开具，每一个环节的凭证都要完整保存。特别关注临时、小额工程的单据管理，建立“合同-结算-发票-付款”四流合一的档案体系。缺一项关键凭证，成本就多一分被否的风险！
自动化数据获取、比对、校验、归档，极大减kaiyun登录入口 kaiyun平台少人工整理、查找凭证的时间，尤其在应对税务检查或清算时，大幅提升工作效率；
通过获取市场公允价进行智能比价，为关联交易定价提供客观依据，增强税务合规性；
数字化不仅是技术升级，更是将税务合规前置到业务源头，通过搭建数据基座、多维度数据分析模型、自动化报告等更高效、更科学的方式，为税企各方解决问题、降低征纳风险与成本、构建符合实际需求的一系列应用场景、实训方案和落地能力。
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